“孜珠”是藏音直译，意为六山峰顶，宗教上象征着六度波罗蜜。据称孜珠寺是由藏王穆赤赞布创建，到活佛罗丹念布时代，孜珠寺进行过一次扩建，并刻印经书、塑造佛像，孜珠寺初具规模。

进入喇嘛嘎旺朗加时代，该寺的显密学经体系进一步规范化、制度化，使得孜珠寺的学经体系上了一个台阶。

在历代孜珠寺活佛和大师们的艰辛创业下，孜珠寺从建筑规模、僧人数量、学经体系和跳神风格等方面，都对昌都地区后来的宗教发展产生了重要影响。特别是当佛教在藏区大部分地区占了统治地位之后，苯教在以孜珠寺为中心的地区生存了下来，这使得孜珠寺在苯教寺庙中享有极高的声誉。

直到现在这个地区的大部分居民仍信奉苯教，孜珠寺也成为苯教文化的特殊圣地。