玉皇阁的台座分为4级，由南向北渐次升高，较高的建筑为三母殿，距地面26.2米。内有城隍殿、观音殿、娘娘殿、三清殿、无量殿、洞宾殿、三官殿、三母殿，还有文昌阁、关帝阁、钟楼和鼓楼等主体建筑和大量为游客服务的辅助设施。整座建筑造型独特，气势雄伟，登临三母殿可凭栏西眺巍巍贺兰山，东望滚滚黄河。