敦煌民俗博物馆整体建筑采用敦煌民间传统的具有防匪、防盗、防风沙作用的古堡式建筑。为敦煌民居建筑中较流行的四合院形式，建筑风格古朴、典雅，木结构精雕细琢，宽敞明亮，室内陈设多样朴实，是集中反映户主文化生活和敦煌民间建筑风格的重要场所。馆内共有各类古建筑风格的房舍126间，充分展现了敦煌地方的民间习俗。

敦煌民俗博物馆利用四合院及前院各室分别展示敦煌地方民间文化、宗教信仰、人生礼仪、生辰寿诞、岁时节令、衣食住行、饮食起居、风味小吃、婚丧嫁娶、供神祭祖、陶瓷器皿、生产生活、游艺竞技、商业习俗、名人字画、文房四宝、玉雕珠宝、民间刺绣等二十余个参观展室。